Městské muzeum zoologie (Museo Civico di Zoologia) se nachází vedle zoologické zahrady u parku Villa Borghese. Bylo založeno v roce 1932 a je uznáváno jako institut světového významu. V muzeu naleznete více než 5 milionů vzorků živočišné říše (hmyz, měkkýše, fosílie, ptactvo a savce), což je důležitý archiv biodiverzity (biologické rozmanitosti).
V prostorách muzea se dozvíte prostřednictvím multimediálních nástrojů něco o živočišných formách, porozumíte původu živočišných druhů a způsobu jejich adaptace v různých prostředích.